В первой половине 1920-х монастырь был центром так называемого «даниловского синода» — неофициальной консервативной оппозиции Патриарху Тихону, возглавлявшейся епископом Волоколамским Феодором (Поздеевским).
Возрождён в 1980-е как духовно-административный центр РПЦ; получил статус ставропигиального.
Данилов монастырь почитается древнейшей на Москве обителью; был основан в конце XIII в. московским князем Даниилом Александровичем (Даниилом Московским), младшим сыном князя Александра Невского в честь своего небесного покровителя — прп. Даниила Столпника. В Даниловом монастыре учреждена первая в Московском княжестве архимандрития (1300), в 1330 переведена в кремлёвский Спасо-Преображенский монастырь. Перед смертью князь Даниил постригся в монахи (1303), похоронен в Даниловом монастыре. Его мощи были обретены в 1652 и перенесены, повелением Царя Алексея Михайловича, в храм Седми Вселенских Соборов в основанной им обители.
По смерти князя Даниила обитель, им основанная, пребывала в запустении. Степенная книга повествует, что при великом князе Иоанне III Васильевиче случилось одному придворному юноше ехать мимо монастыря; князь Даниил явился ему и рек: «Рцы великому князю Ивану: се убо сам всячески себе утешаеши, мене же почто забвению предал еси? Но обаче аще он забвенна мя имать, Бог же мой несть мене забыл никогдаже». С того времени Иоанн повелел петь соборные панихиды о душах своих усопших сродников. В XIV-XV вв. Данилов монастырь оскудел, на его месте оставались церковь Даниила Столпника, рядом сельцо Даниловское. В 1560 Данилов монастырь возобновлён царём Иваном IV Грозным на месте бывшего монастырского некрополя. В 1561 храм во имя свв. Отец Седми Вселенских Соборов (уникальное посвящение во вселенском православии) был освящён митрополитом Московским Макарием.
В 1591, когда войска крымского хана Казы-Гирея подступили к Москве, близ Данилова монастыря был устроен русский «обоз» — укреплённый передвижной лагерь. В 1606 у Данилова монастыря произошло сражение отрядов И.И. Болотникова и И. Пашкова с армией царя В.И. Шуйского. В 1607 близ Данилова монастыря был казнён Илейка Муромец (Коровин) — один из самозванцев, казацкий «царевич Пётр». Монастырь, находившийся во время Смуты в центре военных событий, сильно пострадал в 1610. В начале XVII в. обнесён кирпичной стеной с 7 башнями. В 1710 в Даниловом монастыре было 30 монахов, по штату 1764 — 12 монахов с настоятелем, в 1900 — 17 монахов. В 1812 разорён; накануне вступления французских войск в Москву ризница Данилова монастыря была вывезена в Вологду, казна — в Троице-Сергиеву лавру. С середины XIX века должность настоятеля монастыря совмещалась с должностью благочинного московских епархиальных монастырей.
Первые документальные сведения о землевладении Данилова монастыря относятся к 1785 (имел 18 десятин земли). В конце XIX в. монастырю принадлежали 178 десятин, несколько домов в Москве, каменный двор; при монастыре с 1805 находилась богадельня для престарелых женщин, с 1862 — для престарелых священнослужителей и их вдов. К 1917 в монастыре было 19 монахов и 4 послушника; ему принадлежали 164 десятины земли.
В начале XX монастырь был 3-го класса, в ведении викария Московской епархии. С 1 мая 1917 и до закрытия настоятель обители — епископ Волоколамский Феодор (Поздеевский). Краснов-Левитин и Шавров пишут: «До самой смерти Патриарха Тихона Данилов монастырь играл роль оппозиции справа. Сторонники архиепископа Феодора были во много раз более ярыми „тихоновцами»